Santa Clara murió el 11 de agosto de 1253 en el monasterio San Damián, extramuros de Asís, y era tal su fama de santidad que el papa Inocencio IV, que presidió los funerales acompañado de su corte, dijo que, en aquella celebración, se le debía rezar el oficio de las santas vírgenes y no el de difuntos, como si quisiera canonizarla aún antes de que su cuerpo fuera entregado a la sepultura.
Con toda pompa fue enterrada en la iglesia de San Jorge, dentro de las murallas de la ciudad, donde antes había sido enterrado también el cuerpo de san Francisco. Dos años después, terminado el proceso canónico en el que se probaron las virtudes heroicas de Clara y los muchos milagros que Dios había realizado por su medio, el papa Alejandro IV la canonizó solemnemente el 15 de agosto de 1255 en la catedral de Anagni.