San Francisco murió en la Porciúncula al atardecer del 3 de octubre de 1226, y su cuerpo fue enterrado al día siguiente en la iglesia de San Jorge, de Asís. El 25 de mayo de 1230 fue trasladado solemnemente a la nueva basílica construida en su honor y, para evitar hurtos de tan valiosa reliquia, se le enterró con tal secreto, que no se sabía el lugar exacto en que reposaba. Así pasaron los siglos, sin que los papas permitieran exploraciones, hasta que Pío VII autorizó las oportunas excavaciones: la tumba y el cuerpo del Santo se hallaron, debajo del altar mayor de la Basílica, el 12 de diciembre de 1818. Acomodado el lugar, se expuso allí el sarcófago a la veneración de los fieles.
En 1978 Pablo VI autorizó un nuevo reconocimiento de los restos del Santo que, una vez tratados de manera conveniente, fueron repuestos en la cripta rehabilitada. León XII estableció en 1824 que la Orden franciscana celebrara la fiesta del Hallazgo, fiesta ahora suprimida.