Santa Clara murió el 11 de agosto de 1253 en el monasterio de San Damián en Asís, y su cuerpo fue enterrado en la iglesia de San Jorge, al interior de la ciudad amurallada, en el mismo sepulcro en que había sido enterrado san Francisco. Pero el 3 de octubre de 1260, el cuerpo de la Santa fue trasladado a la nueva basílica levantada en su honor. Al mismo tiempo la comunidad de San Damián se trasladó a la Basílica y Protomonasterio de Santa Clara, dentro de las murallas de Asís.
